Das Wasser, das für den letzten Spülgang von Endoskopen verwendet wird, ist wichtig, um Desinfektionsmittel abzuwaschen und die Einschleppung von Bakterien zu verhindern. Das Wasser, das dem automatischen Endoskop-Reiniger (AER) zugeführt wird, wird üblicherweise auch für diesen Zweck verwendet, da die letzte Filterkartusche eine Filterfeinheit von 0,2 Mikron absolut aufweist, wodurch Bakterien zurückgehalten werden.